Arquitectónicamente consta de tres naves, dos portadas y una torre con campanario.
La torre presenta dos cuerpos fácilmente diferenciables; el primero y más antiguo de arquitectura mudéjar; el segundo cuerpo, donde están las campanas, data del siglo XVI. Pero también, finalmente y desde 1597, la torre presenta un remate con un destacable chapitel de azulejería realizado por Martín Infante.
La fachada principal, en la calle Santa Ángela de la Cruz, es de 1612, de tradición mudéjar, con 3 vidrieras circulares donde la central y más grande representa a San Pedro, y las de los lados a San Pablo y San José.

En la segunda portada, que da a la Plaza de San Pedro, se halla una estatua en piedra de San Pedro realizada en el año 1624 por Martín Cardino. Se aprecia también en esta portada una inscripción latina que se dirige a San Pedro de la siguiente manera: Tú eres el pastor de las ovejas, príncipe de los Apóstoles; a ti han sido dadas las llaves del reino de los cielos